Mieux connaitre les bioagresseurs pour mieux les maitriser
Recherche de mutations chez les insectes et champignons, évaluation du pouvoir infectieux d’un virus, les biotechnologies inventent une autre façon de veiller sur la santé des cultures. Parmi les plus utilisées : le séquençage.
Deuxième voie d’application des biotechnologies appliquées à la santé des cultures : celle de la caractérisation des bioagresseurs. Les techniques génétiques de séquençage à haut débit pour identifier la présence et la virulence des bioagresseurs, voire les contrôler sont de plus en plus utilisées dans le monde. Grâce au numérique et à la robotique, les coûts ont diminué. C’est l’avenir pour protéger autrement, intervenir plus tôt, plus vite, en dotant les acteurs de terrain d’outils de diagnostics efficaces.
Renforcement de l’épidémio-surveillance
Une nouvelle technique de séquençage à haut-débit miniaturisée et applicable sur le terrain se développe depuis quelques années en santé humaine et animale. « Avec des méthodes moléculaires, on peut connaitre le niveau d’infection ou de virulence d’un virus dans une plante par exemple et décider ou non de traiter la culture », illustre Marie Rigouzzo, responsable du groupe biotechnologies pour Phyteis. Par exemple, une équipe internationale* associant le Cirad à des partenaires européen, indien et sud-africain a mis au point un laboratoire portatif pour détecter la présence du virus de l’igname. À partir d’une seule plante malade, les chercheurs ont séquencé, en quelques heures seulement, la totalité des génomes de deux virus, un macluravirus et un potyvirus. Cette méthode ouvre la voie à un diagnostic itinérant et instantané sur les virus des plantes. Elle dote les réseaux d’épidémiosurveillance d’outils efficaces pour mieux contenir les contaminations.
Rechercher les mutations
En recherche fondamentale, ces tests génétiques sur tous les types de bioagresseurs sont un moyen de détecter des variations existantes entre les génotypes. Les variations peuvent rendre les bioagresseurs plus ou moins dangereux pour les plantes, voire accentuer leurs fréquences dans de nombreuses populations. Ces tests évaluent aussi l’émergence de nouveaux mutants et qualifient leur danger potentiel, à l’image de la recherche sur les mutants de la covid 19 en santé humaine.
Ce sont la robotique, la miniaturisation et la capacité d’analyser de très nombreuses données qui accélèrent la lutte contre les bioagresseurs. Couplées à de nombreux logiciels de surveillance et d’alerte, ces technologies peuvent être utilisées par les agriculteurs via leur smartphone.
*Ces travaux ont été financés par la fondation Agropolis dans le cadre du projet étendard E-SPACE (Améliorer l’épidémiosurveillance des maladies des plantes tropicales et méditerranéennes).