NGT : goût, nutrition, climat, bioagresseurs… les innovations se concrétisent

Les nouvelles techniques génomiques (NGT) affinent la compréhension du fonctionnement des plantes. Elles accélèrent aussi la mise au point de variétés capables de répondre aux enjeux agronomiques, climatiques et qualitatifs.

Pascual Perez, expert en biotechnologies et membre du comité scientifique de l’Association française des biotechnologies végétales, observe aujourd’hui une multiplication des applications. Les fruits et légumes concentrent aujourd’hui une grande partie des travaux.

 Quelles sont les applications recherchées avec les NGT?

Pascal Perez : Les travaux sur l’édition du génome témoignent surtout de la diversité des applications possibles : résistance aux maladies, adaptation climatique, amélioration nutritionnelle, qualité gustative ou encore nouveaux usages industriels. Les réalisations se développent aussi bien en grandes cultures que sur les potagères ou les arbres fruitiers. Ainsi, la base de données EU Sage récapitule tous les travaux publiés en édition du génome. Elle recense 1000 catégories de traits réparties sur 75 espèces. Le riz en compte 311, la tomate, 140 ; le soja et le maïs, 66 chacun. Le blé arrive en cinquième position avec 55 améliorations génétiques.

 Des plantes éditées sont-elles déjà commercialisées ?

Pascual Perez : Plusieurs pays ont déjà franchi le cap commercial. Désormais, la Chine autorise du soja, du maïs, du blé ou encore du riz issus des NGT. Au Chili, un blé enrichi en fibres entre également en phase de pré-développement.

Cependant, la tomate concentre aujourd’hui une grande partie des innovations. Sa consommation mondiale explique cet intérêt.

Avez-vous des exemples concrets en tomate ?

Pascual Perez : La priorité reste de répondre aux attentes concrètes des consommateurs. Elles portent soit sur la qualité soit sur la santé.

Ainsi, au Japon, une première tomate issue des NGT présente une teneur accrue en GABA (acide gamma amino butyrique), un composé associé à des effets bénéfiques sur la pression artérielle. Commercialisée depuis deux ans, cette tomate vient aussi d’être autorisée aux Philippines.

Le Royaume-Uni avance également sur une tomate enrichie en vitamine D. Les scientifiques ont bloqué une étape de la synthèse du cholestérol ce qui augmente la teneur en vitamine D du fruit. Des études nutritionnelles se déroulent déjà chez l’homme. Selon les équipes britanniques, cette tomate pourrait apporter autant de vitamine D que deux œufs par jour.

Les chercheurs travaillent aussi sur le goût. En effet, beaucoup de consommateurs jugent aujourd’hui les tomates moins savoureuses qu’autrefois. Toutefois, certains gènes limitent l’accumulation du sucre lorsque la taille du fruit augmente. Grâce à l’édition du génome, des équipes chinoises et américaines ont inactivé des gènes impliqués dans la dégradation de la synthèse du sucre. En effet, ces gènes demeuraient depuis les premières étapes de sélection qui ont suivi la domestication de la tomate. L’objectif est de retrouver des tomates plus goûteuses et plus sucrées, sans modifier leurs caractéristiques agronomiques.

D’autres applications concernent la conservation et la réduction des pertes. Ils ciblent notamment la résistance à la pourriture. Plusieurs programmes de recherche avancent dans ce domaine aux États-Unis et en Chine.

Enfin, l’adaptation climatique constitue un axe majeur. Des équipes israéliennes et chinoises travaillent sur des tomates tolérantes à la sécheresse et au stress salin.

 Et pour la protection des cultures ?  

Pascual Perez : L’édition du génome offre un potentiel considérable contre les champignons, les bactéries et les virus. Finalement, les OGM historiques apportent peu de solutions dans ce domaine.

Des fraises résistantes au botrytis et des tomates tolérantes au Xanthomonas existent déjà au stade expérimental. Par ailleurs, des travaux avancent sur des bananes résistantes à la cercosporiose noire. Les expérimentations en plein champ sont en cours aux Philippines et au Costa Rica.

Autre avantage des NGT : les connaissances acquises sur une espèce peuvent immédiatement servir à une autre qui est proche sur le plan botanique. Par exemple, des équipes de l’INRAE ont identifié chez le poivron un gène fonctionnel contre un potyvirus. En le prenant comme modèle, ils ont pu modifier le même gène chez la tomate pour exprimer une résistance au même type de virus. Ces deux espèces appartiennent à la famille des Solanacées.

Où en est-on en France ?

Pascual Perez : En France, les travaux progressent aussi. La start-up Plantik Biosciences développe des tomates tolérantes aux températures élevées et aux conditions plus sèches. Les premiers essais au champ démarrent cette année aux États-Unis. De surcroît, le journal Le Point vient de récompenser les fondateurs de cette entreprise en leur décernant le prix d’inventeurs de l’année 2026.

De son côté, l’INRAE pilote un grand programme de recherche dédié à la sélection végétale avancée. L’enveloppe est de 30 millions d’euros avec notamment les projets TYPEX et DIVEDIT. Dans ce cadre, les chercheurs évaluent le potentiel des NGT pour adapter l’agriculture au changement climatique. Ce dispositif concerne plusieurs espèces, dont le pommier avec des programmes sur le site d’Angers et les pruniers sur celui de Bordeaux. On retrouve aussi le melon, la tomate, le pois et des arbres forestiers. De plus, le projet EpiRIPEN démarre sur la tomate en collaboration avec le Volcani Institute Israël. Il vise à comprendre comment l’épigénétique influence la maturation des fruits. L’épigénétique regroupe les mécanismes qui régulent l’expression des gènes sans modifier la séquence de l’ADN. Ensuite, l’objectif est d’agir sur ces mécanismes grâce à de nouvelles techniques d’édition génomique.